西安烈冰空间转录组数据分析

空间组测序技术，作为现阶段单细胞技术的重要补充技术进入了组学的实验领域以及生物信息学的分析领域。通过单细胞测序（单细胞表达尺度）+空间转录组测序（空间表达尺度）+数字病理（临床诊断尺度）联合分析可在空间和时间上描述不断演变的组织生态系统，多角度深入分析组织的形态特征、基因组学特征、表观遗传调控因子以及样本中的免疫微环境。不同于单细胞测序分析的需求-分析-需求-分析的模式，空间转录组分析实际上是非常需要研究者和企业之间的互动的，尤其是对于组织切片的理解，一个在线互相交流空间转录组测序结果的系统也是空转分析中不可或缺的一环，也是重中之重。国产化PanoCell空间转录组测序平台，提供高性价比服务方案。西安烈冰空间转录组数据分析

10XVisium的实验主要分为两部分：组织学板块和组学板块。组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像，记录切片的形态学信息；组学板块包括cDNA的合成、扩增、接头连接和测序，记录切片的转录本信息和空间位置信息。具体实验流程如下：A、切片制备和优化：取新鲜组织、冷冻、切片，并进行HE染色成像，优化确定切片是否覆盖靶向区域。B、切片固定和透化：将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上，并进行固定和透化，使细胞中的mRNA得到释放，并结合到相应的捕获探针上，从而获取基因表达信息。C、逆转和文库构建：以捕获的RNA为模板，进行cDNA合成，和测序文库制备。D、高通量上机测序：对制备好的测序文库，进行二代高通量短读长测序。E、数据可视化分析：结合HE结果，确定哪些基因有表达，表达量高低，以及这些基因的空间位置信息北京高通量测序空间转录组商业化服务烈冰测序数据分析平台，不依赖已有物种信息，可研究非模式物种，针对不同平台的数据，制定多套流程；

基于桥式PCR技术的簇生成可以将模版链迅速扩增成千上万倍，保证过程中足够的测序深度。测序时使用特殊标记的dNTP：1）碱基上通过敏感键修饰上不同的荧光基团，用于区分ATCG；2）3端使用叠氮基团封闭，保证一次循环只上一个dNTP。每一轮循环结束时，会通过高速荧光显微镜记录荧光图像，再通入试剂除去荧光基团和叠氮基团，开启下一循环。通过分析读取同一位点的荧光，实时获取模版链的碱基序列。由于过程中使用的化学反应并不可控，随着循环数的增大会出现不同步的情况，因此Illumina的读长只能限制在200bp左右。

空间转录组测序的数据质量和玻片有效区域的利用率、贴片的质量和透化时间息息相关。贴片质量不良会影响总的有效spot数等；而透化不合理会导致spot的reads数、基因中位数等参数。而在特异性基因表达方面，我们也可以统计空间转录组群体的特异性基因表达即Markergene，将他们在组织切片以及空转上进行着色。我们也可以对于任意一个已知的基因或者数据库中的一些细胞Marker，然后将其在基因表达在空间转录组的切片以及HE染色上展示自己的基因表达进而了解，群体中的可能的细胞组成关系。空间转录组可展示组织切片中不同区域的基因表达情况，揭示精细病理区域的信号通路。

10x Genomics空间转录组测序技术通过将组织切片的高通量mRNA分析和形态学背景整合，使基因表达谱可以被定位回它们的原始空间位置。传统的空间转录组测序技术局限于冰冻组织切片。10x Genomics推出全新的针对FFPE样本的Visium空间基因表达解决方案，该技术打破从FFPE组织样本中获取空间全部转录组基因表达信息的壁垒，能够从FFPE样本中获取高灵敏度、高特异性的相关基因的表达信息，在形态学背景下实现真正的探索发现，进一步扩展空间生物学的可能性。烈冰生物成立于2010年，专注于空间转录组测序领域科研服务。青岛scRNA空间转录组测序服务公司

烈冰生物全转录组测序通过双文库构建，实现多种RNA的一网打尽。西安烈冰空间转录组数据分析

RNA测序（RNA-seq）是转录组学研究的重要工具，也是生命科学领域常用的技术之一。相比于传统通路研究低维度、低通量的局限性，转录组学有以下优势：1）能够动态考察细胞基因组的表达，多维度地反映差异变化；2）可用于研究占RNA绝大部分的非编码RNA，研究其结构以及在细胞生命活动中的重要调控作用；3）与蛋白组学研究相互补充，多角度呈现细胞水平的变化信息。作为转录组学研究的技术基础，RNA测序技术也在不断地更新迭代，现如今更大通量、更深精度的测序为众多科研和医学工作者提供了丰富的工具和探索真理的手段。西安烈冰空间转录组数据分析

上海烈冰生物医药科技有限公司办公设施齐全，办公环境优越，为员工打造良好的办公环境。致力于创造***的产品与服务，以诚信、敬业、进取为宗旨，以建NovelBio,烈冰生物,NovelBrain,PanoCell,烈冰智造产品为目标，努力打造成为同行业中具有影响力的企业。公司不仅*提供专业的生物科技、医药科技、信息科技、计算机科技领域内的技术开发、技术服务、技术转让、技术咨询，市场营销策划，市场信息咨询与调查（不得从事社会调查、社会调研、民意调查、民意测验），从事货物及技术的进出口业务，计算机、软件及耗材（除专控），软件开发【依法须经批准的项目，经相关部门批准后方可开展经营活动】，同时还建立了完善的售后服务体系，为客户提供良好的产品和服务。自公司成立以来，一直秉承“以质量求生存，以信誉求发展”的经营理念，始终坚持以客户的需求和满意为重点，为客户提供良好的单细胞测序，生物大数据云分析平台，空间转录组测序，单细胞多组学测序，从而使公司不断发展壮大。